1、定义不同。全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。

　　而差额拨款事业单位是按照差额比例，财政承担部分，由财政列入预算;单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等一类的事业单位。

　　2、稳定性不同。二者相比较，全额拨款事业单位的稳定性好一些。全额事业单位是基于跟着国家进行调控，存在着一定的稳定性;而差额事业单位存在的变动可能性非常大，存在很大不确定的因素。因此，也影响着工作的稳定性。

　　3、范围不同。全额拨款的事业单位主要有图书馆、文化馆、各级公办学校、党校、档案局、文化中心、农业局下属的森防管理事业单位、动物疫病控制中心、城建局下城市维护管理的如园林处等。

　　而差额事业单位包括医院等有收入的，又承担政府社会职能的单位。除此之外，自收自支管理的事业单位主要是一些原来国有企业的行业主管局。