故事开始在霍格沃兹之战十九年之后，哈利和金妮·波特送他们的二儿子第一次到九又四分之三站台。阿不思·西弗勒斯·波特因哥哥詹姆斯的玩笑，担心自己会被分到斯莱特林，在哈利的一番解释与安慰中，他似乎打消疑虑，与詹姆斯及他的表姐罗丝·格兰杰·韦斯莱一同登上了霍格沃兹特快。和他的父亲一样，他在霍格沃兹特快的包间里遇到了他在学校的好友：斯科皮·马尔福。当然，姓氏的原因，还有关于斯科皮身世的传言（传言说斯科皮的生父不是德拉科·马尔福，而是伏地魔）罗丝反对这种友谊的产生，而年轻的波特则不在乎，不知为什么，斯科皮似乎对罗丝一见钟情。或许是因为新的友谊，或许是因为哈利之前的安慰，或许是阿不思自身的原因，他和斯科皮被分到斯莱特林学院，可以想象，这个消息有多轰动。而阿不思在之后学校功课的差劲表现，使他饱受非议：他甚至不能顺利地驾驭飞天扫帚，人们纷纷质疑他是否是一个波特。阿不思越来越孤僻，他讨厌学校，讨厌魁地奇，讨厌霍格沃兹的一切，除了他的好友斯科皮。这种情况在接下来的几年里一直没有好转，尽管哈利尽量开导阿不思，但哈利和阿不思对霍格沃兹的感情不同，所以哈利并不能理解阿不思的痛苦，在不断磨合中，父子间的裂痕越来越大，在四年级开学前的一次父子谈话中，阿不思把哈利送给他的毯子扔到了罗恩送他的爱情魔药中，哈利则大声喊道他希望阿不思不是他的儿子，而阿不思则表示了同样的愿望。之后，在霍格沃兹特快上，阿不思和斯科皮跳火车，逃离了霍格沃兹。在一间巫师养老院中，阿不思和斯科皮拜访了阿莫斯·迪戈里，塞德里克·迪戈里的父亲。他曾多次哀求过波特(魔法法律执行司司长），希望他能够利用时间转换器改变过去，救回他因为是“多余的”而被杀死的儿子。虽然，魔法部刚刚从黑市上缴获了当时唯一的时间转换器，但是哈利仍然拒绝了他。阿不思说服了阿莫斯，发誓他们会把塞德里克救回来。在护士多芬·迪戈里(阿莫斯的侄女）的帮助下，完善并实施了他们的计划。阿不思无意中听到大人们讨论，知道时间转换器藏在魔法部长赫敏·格兰杰的办公室里。他们利用复方汤剂进入魔法部偷到了时间转换器，期间为了引开赫敏，变成罗恩的阿不思不得不深情款款地请求赫敏不要进她的办公室，虽然目的达到了，但对于亲吻舅妈不下五百次这件事，斯科皮表示不知该对阿不思击掌还是皱眉。阿不思，斯科皮和多芬在禁林边缘地带练习缴械咒，然后阿不思和斯科皮说服多芬留下来，他们则穿着德姆斯特朗的校服，回到了三强争霸赛第一场比赛:火龙。在赛场上，斯科皮错把赫敏当成了罗丝，阿不思用缴械咒夺走了塞德里克的魔杖，希望他因为失败错失最终和哈利一起夺得三强争霸赛的机会，从而活下来。忽然间时间转换器转了起来，把他们带回了未来。在阿不思和斯科皮逃离了霍格沃兹特快后，哈利，赫敏，罗恩，金妮，德拉科四处寻找，最后有人发现他们两在禁林，于是他们进入了禁林，在搜寻中，哈利遇到了马人布恩，布恩为了种群利益，告诉哈利阿不思身处乌云之中，并做出一个预言：“你会找到你的儿子，但之后你将永远失去他。”阿不思和斯科皮一回到当时，就被罗恩发现了，阿不思倒在地上（之后他们发现是因为他们的时间转换器是仿品，只能回到过去5分钟，超出时间就会强制回去，并造成伤害），阿不思在校医院醒来，哈利大发雷霆，要求阿不思和斯科皮断绝关系，表示他会请求麦格教授随时盯着活点地图，一旦发现两个男孩在一起，就强行分开。离开了自己最好的也是唯一的朋友，两个男孩都很伤心，但很快，他们就发现不对劲的地方:阿不思在格兰芬多而不是斯莱特林；塞德里克没有活下来；罗恩不再开玩笑商店；他娶了佩蒂尔而不是赫敏；他们的女儿罗丝消失了，取代的是罗恩和佩蒂尔的儿子本吉；而赫敏不再是魔法部部长，而是学校的黑魔法防御课教师，变得有些歇斯底里。哈利回家后，在金妮的劝说和德拉科的拜访中意识到自己不该强行干涉阿不思的生活，他们三个来到霍格沃兹，希望麦格教授让他们见见各自的儿子，然后在活点地图上发现他们两都在一楼的女生盥洗室里。由于麦格教授不赞成哈利教育儿子的方式，两个孩子的隔离计划并没有被很好地执行。阿不思和斯科皮在疏远，争吵，和好之后，很快发现现实改变的原因：塞德里克输了第一场，反而激起他的斗志，最终还是和哈利一起得到了三强争霸赛奖杯；赫敏怀疑两个德姆斯特朗的学生在威克多尔·克鲁姆的授意下暗算了塞德里克，于是拒绝了他的圣诞舞会的邀请，而是和罗恩以朋友的身份参加了舞会，没有威克多尔的介入，罗恩就不会吃醋，也就从没发现自己对赫敏的感情，他们一直保持着朋友的身份。 阿不思和斯科皮决定再次利用时间转换器。他们在哭泣的桃金娘的指引下，利用鳃囊草，通过下水道进入禁湖，回到了三强争霸赛第二场。在禁湖中，阿不思对塞德里克施了膨胀咒，并让他飞出湖面，在天上拼出了“罗恩爱赫敏”，希望这样的羞辱会让塞德里克退出三强争霸赛。在时间转换器的滴答中，他们回去了。斯科皮回到未来的禁湖中，找不到他的朋友，他不在了，当一个女人斯科皮拉出禁湖，他惊讶地发现她是多洛蕾丝·乌姆里奇，霍格沃兹的现任校长。接下来的时间里，斯科皮发现一切都变了：哈利波特在霍格沃兹之战中死了；阿不思从未出生；伏地魔掌握一切；塞德里克成了食死徒；他的父亲是魔法法律执行司的司长；他本人则是霍格沃兹的“蝎子王”，学生们都怕他，他是纯种巫师的代表，优秀的魁地奇运动员，男学生会主席的候选人，乌姆里奇甚至表示会把他推荐给伏地魔的心腹，卜鸟。而斯科皮不喜欢这一切，他失去了最好的朋友。他想弄清这一切是怎么发生的，他想修正这一切，然而他寻找答案的行为招致了德拉科的警告。再一次在图书馆寻找答案时，他遇到了他在另一个未来的同学，此时他正因为可能不能按时替斯科皮完成斯内普教授的魔药课论文而惶恐不已。这使斯科皮意识到，霍格沃兹还有一个人可以帮助他。他冲进了斯内普的教室，希望斯内普可以帮助他，一开始斯内普认为他是在耍滑头，对他冷嘲热讽，但斯科皮提到了莉莉·波特，提到了斯内普为莉莉的儿子做的一切，斯内普相信了他，并带他到密室，见到了仅剩的凤凰社成员：罗恩和赫敏。此时的他们正被摄魂怪全城追捕。斯科皮明白了一切的转折点：塞德里克因为被羞辱而加入了食死徒，在霍格沃兹之战中，杀死了纳威·隆巴顿，而隆巴顿的死导致伏地魔的最后一个魂器，大蛇纳吉丝存活下来，在最终哈利和伏地魔对决中，伏地魔杀死了哈利，改变了一切。在了解了另一个未来之后，赫敏，罗恩和斯内普决定帮助斯科皮，他们需要回到三强争霸赛的第一第二场，阻止阿不思对塞德里克施咒。为了防止被摄魂怪发现，他们在密室中回到第一场比赛的时候，冲到禁林边的赛场阻止了阿不思的缴械咒，但是时间不够了，他们被强行拉回现实，罗恩受了伤，摄魂怪发现了他们，为了保护斯科皮，罗恩和赫敏对抗摄魂怪，被摄魂怪吸去了灵魂。斯内普护送斯科皮赶往禁湖的路上遇到乌姆里奇的伏击，她怀疑斯内普很久了，最后时刻，斯内普召唤出他的牝鹿守护神，护送斯科皮进入禁湖，自己则也被摄魂怪吸去了灵魂。斯科皮在禁湖中回到第二场比赛中，阻止了阿不思对塞德里克的第二次施咒，他们被拉回未来，原来的，没有被修改过的未来。斯科皮向大家（哈利，金妮，德拉科，罗恩，赫敏以及麦格教授），麦格教授气疯了，她斥责斯科皮和阿不思不经思考就冒这么大的风险，她要罚他们禁闭一整年，取消他们的假期，禁止他们再去霍格莫德，阿不思虽然沮丧，但知道自己的行为带来的后果便坦然接受处罚，而斯科皮则因为再次看到好朋友而对直接把处罚忽略了。麦格教授继续把几个大人也骂得狗血淋头。在追问时间转换器的时候，斯科皮表示遗失在禁湖里了。在接下来的几天里，斯科皮仍然为回到熟悉的未来高兴，他向好友讲述他觉得现在是多么美好，在另一个未来多么令他厌恶，他们谈到了斯内普，德拉科，罗丝。最后，斯科皮表示，由于他不相信魔法部可以保护好时间转换器这么危险的东西，阿不思和他应该秘密销毁那个他藏起来的时间转换器，并发表了一番激动人心的演讲，当阿不思认为斯科皮一定对这段演讲很满意时，斯科皮表示他已经准备一整天了。阿不思和斯科皮在猫头鹰棚屋商议怎样销毁时间转换器时，多芬出现了，斯科皮不高兴，但阿不思表示作为塞德里克的表亲，她应该知道事情的始末。多芬知道了一切后，表示她可以帮忙想办法，当她拿到时间转换器时，斯科皮和阿不思发现了她的纹身，一只卜鸟。斯科皮要求多芬归还时间转换器，多芬拒绝了，她要求他们和她一起回到三强争霸赛第三场：迷宫。当他们拒绝时，她收缴了他们的魔杖，将他们捆起来，杀死了一个误入猫头鹰棚屋的学生，并对斯科皮施钻心咒，逼迫阿不思就范。当哈利和金妮进入斯莱特林宿舍，发现阿不思和斯科皮再次消失时，可想而知大人们有多焦急了，一开始他们认为两个男孩是因为处罚而再次逃跑，罗恩则表示他晚上和纳威喝酒时回来的路上远远看到阿不思和一个年龄比他大的女孩在猫头鹰棚屋约会，斯科皮充当电灯泡。当大家来到猫头鹰棚屋时，只看到那个误入棚屋的学生的尸体。哈利意识到那个比阿不思大的女孩是多芬·迪戈里，于是他们来到养老院和阿莫斯对质，阿莫斯则意外地表示自己没有侄女。哈利等五人找到了多芬的密室，密室中发现一个预言：“当多余的变得多余，当时间开始转动，当看不到的孩子杀死了父亲，便是黑魔王回归的时刻。”四周墙上则写着多芬的宣言:“我会让黑暗重归，我会让我的父亲重生。”阿不思，斯科皮和多芬回到三强争霸赛第三场的迷宫中，多芬以对斯科皮施钻心咒为要挟，要求阿不思再次羞辱塞德里克，这样在塞德里克和时间转换器的作用下，阿不思的行为会导致他父亲哈利的死亡，伏地魔将东山再起，但迷宫中的活动树墙阻止了他，听到声音赶到的塞德里克击昏了多芬，他认为他们三个是迷宫中的测试。当塞德里克离开后，多芬醒来，斯科皮告诉她预言并不一定会发生，是可以改变的。他们回到未来之后，多芬带着他俩幻影移徙并再次时间转换，到达目的地时，多芬摧毁了时间转换器，然后离开。哈利等人意识到阿不思和斯科皮被多芬绑架回到过去，但他们毫无办法。德拉科来到哈利的办公室，告诉哈利，他拥有一个他父亲留下的，完整的时间转换器，希望哈利和他一起找回他们的儿子。而哈利则表示，不知道集体的时间和地点，他们也无法找到阿不思和斯科皮。阿不思和斯科皮发现他们被带到了一九八一年十月三十一日的戈德里克山谷，也就是伏地魔杀死哈利父母的那一天，他们认为多芬是要杀死哈利，改变那个关于伏地魔和哈利·波特的预言，但他们没有魔杖，没有扫帚，无能为力。他们发现了莉莉留给哈利的毯子，很天才地从巴希达·巴沙克的家里偷到一些魔法酊剂，在毯子上留下求救信号。 未来的哈利和金妮在阿不思的房间思念他们的儿子，哈利发现被阿不思扔进爱情魔药的毯子上显出字迹。循着线索，哈利，金妮，德拉科，罗恩，赫敏来到一九八一年十月三十一日的戈德里克山谷。他们找到了两个男孩，金妮意识到多芬来此不是要杀婴儿时期的哈利，而是要阻止伏地魔这么做，为了引出多芬，哈利用咒语变形成伏地魔。多芬顺利被引出，她自称是贝拉特里克斯·莱斯特兰奇和伏地魔的女儿，在霍格沃兹之战前出生在马尔福庄园，哈利引诱她走人陷阱，但被多芬识破，她把自己和哈利封在一所房子中，一对一，继承自伏地魔的魔法力量使她占尽上风，身材瘦小的阿不思通过缝隙钻入房子，打开大门，众人冲进来，俘虏了多芬。这时，真正的伏地魔到来，众人在远处目睹了伏地魔杀死哈利的父母，并准备杀死哈利却自我毁灭的过程，之后就回归未来。斯科皮再次表达了对现实的美好追求，并表示一定要在未来娶到罗丝，同时嘲笑了阿不思对女人的品味。阿不思和哈利一番长谈之后，一切归于和平美好。