1. 首先这两者有相同之处和很大的差异，锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年（1382年），裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。

1.1 作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。有明一代，锦衣卫一直存在。延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。

1.2国民政府军事委员会调查统计局（简称军统局，BIS），台湾地区情报机关之一。1938年成立，1950年解散的台湾地区情报机关之一。早期的领导人为戴笠，戴笠死后，1946年，由毛人凤继任。军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。1949年，军统主要机构撤至台湾。中华人民共和国中央人民政府对留在大陆的军统进行清洗，到五十年代中期，军统在大陆大致被肃清。

2.从这不难看出，锦衣卫是直属于皇帝的最早是直接保护皇帝，后来成为了正式的特务机关，是直接享有司法逮捕，审判，处决权的，以特务情报收集方式进行为皇帝直接工作，监视百官的，直到明朝灭亡一直存在，而军统就是个搞特务，暗杀，流氓，破坏，残害革命者，群众的特务组织，干的都是一些拿不上台面的坏事，也没什么审批逮捕什么的授权。而锦衣卫是正式的机构。两者还是有差异的。