对于前尿道结石的治疗，通常避免进行创伤性手术，尽量在不损伤尿道的条件下将其取出。

对于尿道舟状窝的结石，医生会先向尿道内注射无菌石蜡油，然后用手轻轻挤出结石，或用血管钳经尿道伸入，将结石取出。

对于其他部位的前尿道结石，医生会采用阴茎根部麻醉，然后用手压住结石近端尿道，阻止结石后退，注射无菌石蜡油后，再轻轻向尿道远端推挤、勾取或钳出。取出有困难的可以在输尿管镜下碎石后取出。

后尿道结石的治疗：

后尿道结石如果较小，医生会注射无菌石蜡，并要求患者排尿，将结石冲出。

大部分后尿道结石。可以在麻醉状态下用尿道探条或尿管将结石轻轻推入膀胱，然后采取类似于膀胱结石的腔内治疗方法。