常见微生物有细菌，放线菌，酵母菌和霉菌，以及病毒。

细菌根据形态可以分为球菌，杆菌和螺旋菌。根据细胞壁成分又可以分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。

放线菌因其形态成放射状而名。其为丝状原核生物，菌丝可分基内菌丝，气生菌丝和孢子丝。孢子丝可以分化形成孢子。

酵母菌常见的有酿酒酵母，啤酒酵母，还有白色念珠菌，假丝酵母菌等。酵母主要以出芽方式繁殖。

霉菌是丝状真菌，形态与放线菌相似，但个体更大。其孢子有无性孢子和有性孢子。