根据毛佩琦教授（明史专家，中国人民大学教授，历史学博士生导师）在百家讲坛上的说法，建文帝的下落有几种说法：

一、自焚说。《明史》关于建文帝的下落是这么记载的：“谷王及李景隆叛，纳燕兵。都城陷，宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出，帝后尸于火中，越八日壬申，葬之。1402年朱棣攻入南京，就是靖难之役成功后，建文帝自焚了。

二、归来说。明英宗正统五年，公元1440年。一个老和尚大约90岁，从云南来到广西，到了思恩府，到了大堂上，说：“我就是建文帝，我就是建文君。”这个知府一听很害怕，这个知府叫做岑瑛，他说：“建文君从建文4年就失踪，到现在一直没找着，突然出现在我的面前，这是真是假？”赶快报告宫里，就把自称建文君的和尚送到北京的皇宫里。结果一审查，原来此人是河南钧州人，叫做杨应祥，假冒的。结果民间继续演绎建文帝下落，更是扑朔迷离。

三、出亡说。朱棣攻入南京，建文帝并没有自杀，建文帝正在慌乱之时，一个太监向他汇报说：“太祖死的时候留下一样东西。这个东西就收藏在奉先殿，他嘱咐我们不到危急的时候不能打开。”周围的一些大臣都说赶快打开，把东西拿出来，什么呢？一个铁匣子。铁匣子的油漆是红颜色，两个锁也都灌上铁，马上砸开，一磺开里头有度牒三张。什么是度牒？就是宗教职业者的身份证。有这个度牒，就证明是和尚。写上名字，从事宗教职业。度牒有三张，“应文、应能、应贤”，写了三个人的名字，里头有袈裟，有剃刀，还有白金十锭。里头有一句话：“你们要是不想跑，你们就自杀。要不然的话，你们就拿着度牒跑。”

于是建文帝剃发为僧，和另外两个人在皇宫的北门跑了。（文昌宫建文帝雕像）

四、穹隆山为僧说。根据《明史·姚广孝传》记载，姚广孝到永乐十六的时候，已经84岁了。姚广孝是当年帮助朱棣夺取天下的和尚。他在见朱棣的时候说：“我有一件心事，你要帮助我。”“有什么心事？”朱棣问。姚广孝说：“当年都怀疑建文帝逃跑是宗泐和尚帮的忙，这个宗泐和尚被关起来一直关到现在，希望你把他放了。”那么，这件事确实吗？是不是宗泐帮忙，然后建文帝最后藏到江苏吴县，就是现在苏州市的穹隆山呢。据说穹隆山上有佛塔，是建文皇帝的墓。明史里面没有肯定。（明成祖朱棣图）

五、胡潆寻找说。胡潆是户科给事中。这个给事中是专门提意见，监督百官的，可以向皇帝反映民间官员的任何事。据说建文帝下落不明，明成祖朱棣心里放不下，就派胡潆巡行天下，找建文帝的下落。自朱棣即位开始就寻找了，永乐二十一年朱棣北征，回到现在河北省的宣化。有一天晚上，天都黑了，报告说胡潆来了，朱棣说，赶快请他进来。他们两个就彻夜长谈，到四更时分，早上天都快亮了，胡潆才离开。胡潆向朱棣报告的什么呢？后人说找到了建文帝等等，但是不是真的找到，没有依据证明。

六、郑和下西洋寻找说。郑和下西洋是一个壮举，据民间传说，建文帝逃到了海外，并建立了国家，下西洋的同时顺便打听一下建文帝的下落。到非洲去找建文帝是不是有点搞笑啊，这不可信。

毛佩琦是明史专家，他说的代表了以前的大部分研究成果。说了这么多，建文帝下落仍是一个谜。

一般现在没有有关建文帝下落迷案的最新研究成果，如果像曹操墓和曹植墓那样都发现并发掘了，通过DNA检测，考证了他们真实的父子关系的话最好了。

如果有关建文帝墓葬确实存在，并有遗骨保留的话，可以对照明皇室墓葬遗骨以及现在的后人进行基因图谱对比的话，才能真实确定。