财政专项科研拨款是由政府财政支付并由企业承担的科研课题经费。按照《企业会计制度》的规定，该类拨款在专项应付款中核算。

企业应于实际收到专项拨款时：借：银行存款；贷：专项应付款。拨款项目完成后，形成各项资产的部分：借：固定资产等；贷：有关科目。借：专项应付款；贷：资本公积——拨款转入。未形成资产需核销的部分，报经批准后：借：专项应付款；贷：有关科目。拨款项目完成后，如有拨款结余需上交的：借：专项应付款；贷：银行存款。

按新会计准则的规定，首先要分清是政府补助还是专项建设拨款：①如果是政府补助，与资产相关的：借；银行存款；贷：递延收益：然后按照资产的使用寿命，分年确认递延收益：借：递延收益；贷：营业外收入。与收益相关的，直接计入与收益相关的政府补助，用于补偿企业以后期间的相关费用或损失的，取得时确认为递延收益，在确认相关费用的期间计入营业外收入；用于补偿企业已发生的相关费用或损失的，取得时直接计人营业外收入。②如果是专项建设拨款：借：银行存款；贷：专项应付款。如果项目建好后归企业所有，余款上交：借：专项应付款；贷：资本公积（与固定资产金额一致），银行存款（应返还金额）。