微生物菌剂和生物有机肥从标准含量都不一样，严格说微生物菌剂更加高级一些。

微生物菌剂，用国家标准20287的，菌每克大于2亿每克，没有有机质的要求。

生物菌肥，用国家标准884的，菌每克大于2000万，有机质大于40，就可以了。

菌肥一般配合有机肥，用在底肥上，微生物菌剂，一般可以全部水溶，苗期或者中后期可以冲施。不过这两年，很多企业也做了很多，菌剂用来做底肥。

两者对改良土壤都有作用。