军委审计署主要履行军队审计监督职能，组织指导全军审计工作，改革审计监督体制，全部实行派驻审计，增强审计的独立性权威性，更好发挥审计监督效能。审计机关在本级政府行政首长领导下依法独立开展审计工作，不受其他行政机关、社会团体、个人的干涉。军委审计署的机构设置是为了是加强对军队经济活动审计监督作出的重大决策，军委审计署的机构是深化国防和军队改革，推进军队审计制度创新的重要举措。对我国贯彻依法治军、从严治军方针，增强审计监督的独立性、权威性和实效性，具有十分重要的意义。